Der einstige engste Mitarbeiter des im Vorjahr in Belgrad festgenommenen Ex-Präsidenten der Republika Srpska, Radovan Karadzic, wurde im September 2006 wegen Kriegsverbrechen während des dreijährigen Bosnien-Krieges (1992-95) vor dem Haager Gericht in erster Instanz zu 27 Jahren Haft verurteilt.
Gemäß dem Urteil war Krajisnik zusammen mit Karadzic und anderen führenden bosnisch-serbischen Funktionären an verbrecherischen Vorhaben beteiligt. Durch die Vertreibung von Bosniaken (Muslimen) und Kroaten aus Gebieten unter Kontrolle der bosnischen Serben sollen sie es auf eine Veränderung der ethnischen Struktur des Landes abgezielt haben. In erster Instanz war Krajisnik von den Völkermord-Vorwürfen freigesprochen.
Im Berufungsverfahren ließ Krajisnik auch Karadzic, der sich seit Juli ebenfalls im Tribunalsgefängnis in Scheveningen befindet, als seinen Entlastungszeugen vorladen. Die Aussage des Ex-Präsidenten der bosnisch-serbischen Republik sollte dem Tribunal demonstrieren, dass Krajisnik in der Tat nicht die “Nummer zwei” in der Republika Srpska gewesen sei, wie dies allgemein angenommen wird.
Krajisnik war im April 2000 in Bosnien festgenommen worden und wurde an das UNO-Tribunal überstellt. Das Gerichtsverfahren in erster Instanz dauerte von Februar 2004 bis August 2006.