Kardinal Schönborn, der zuvor das Requiem im Stephansdom leitete, drückte in seiner Predigt vor allem der Witwe Dagmar Koller sein Mitgefühl aus: “Niemand hat ihn so geliebt wie sie.” Wobei er, Schönborn, nie verstanden habe, warum es bei der Ehe heiße: “…bis das der Tod euch scheidet.” Es stimme, dass der Tod schmerzlich trenne: “Aber hört denn die Liebe mit dem Tod auf? Die Liebe ist stärker als der Tod.”
Am feierlichen Requiem im Dom, das rund zwei Stunden dauerte, nahmen zahlreiche Ehrengäste teil: Neben Dagmar Koller und der Familie sowie den Rednern Gusenbauer und dem früheren Wiener Stadtschulratspräsidenten Kurt Scholz waren unter anderem Bundespräsident Fischer, Vizekanzler Molterer und Wiens Bürgermeister Häupl erschienen.
Vom Stephansdom wurde Zilk mit einem Wagen der Bestattung Wien zum Zentralfriedhof gebracht, wo er unter großer Anteilnahme beigesetzt wurde.