266 von 268 definierten Badegewässern – 99,3 Prozent – erfüllten 2006 die verpflichtenden EU-Kriterien für ungefährliches Baden, nur zwei, Flussbad Langenlois und Donau Altenarm Weitenegg, verglichen mit ach im Jahr davor, bekamen die Rote Karte. Die Zahl der Badeplätze, die auch die freiwilligen strengeren Qualitätskriterien erfüllten, ging zwar um zwölf auf 207 bzw. 77,2 Prozent zurück, Österreich liegt immer unter den Ländern mit Binnengewässern damit aber immer noch unter den besten Drei.
Insgesamt blieb die Situation der Badegewässer in der EU gegenüber dem Vorjahr gleich, bzw. hat sich leicht verbessert: 96,1 Prozent der Küsten- (2005: 96,1 Prozent) und 88,6 Prozent der Binnengewässer (2005: 85,7 Prozent) erfüllten die verpflichtenden EU-Standards. Bei den Badegewässern, die auch den höheren Standards genügten, war auch im EU-Schnitt ein leichter Rückgang zu verzeichnen. Dies sei kein Problem, so lange die Qualität nicht unter die zwingenden Standards sinke, sagte ein Kommissionsexperte.
Die Brüsseler Behörde kritisierte allerdings, dass immer mehr Mitgliedstaaten bestimmte Küstenstreifen oder Seen ohne Angabe von Gründen von der Liste der definierten und damit zu überprüfenden Badegewässer streichen. Die Kommission vermutet dahinter Verschmutzungsprobleme und hat gegen mehrere Länder, darunter Spanien, Italien, Portugal, Belgien und Dänemark bereits Vertragsverletzungsverfahren angestrengt. Insgesamt verschwanden in der Badesaison 2006 254 Badegebiete von der EU-Liste, zwei Drittel davon an Binnengewässern.
Die Gesamtzahl der überwachten Badegebiete an der Küste ist in den 25 Mitgliedstaaten von 14.239 auf 14.345 gestiegen. Bei den Binnengewässern wurden insgesamt 6.749 überwacht, nach 6.674 im Jahr davor. 217 Badeplätze an den Küsten und 284 an Binnengewässern entsprachen nicht den EU-Vorgaben; an 279 Küstengewässern und 338 Seen bzw. Flüssen war Baden in der vergangenen Saison verboten.
Die EU-Mitgliedstaaten müssen entsprechend der EU-Badegewässer-Richtlinie ihre Badegebiete definieren, regelmäßig kontrollieren und jedes Jahr einen Bericht über die Wasserqualität in Brüssel abliefern.