Einen Tag nach seiner Schussverletzung bei einem Attentatsversuch setzte sich Chen nach inoffiziellen Ergebnissen in einem knappen Rennen gegen seinen konservativen Herausforderer Ex-Premier Lien Chan, den Kandidaten der ehemaligen Einheitspartei Kuomintang, durch. Lien stellte das Wahlresultat in Frage und forderte eine Wiederholung der Stimmenauszählung.
Bei der Wahl im Jahr 2000 war es Chens Demokratischer Fortschrittspartei zum ersten Mal gelungen, die Kuomintang zu besiegen, die nach ihrer Niederlage im chinesischen Bürgerkrieg gegen die Kommunisten 1949 auf die Insel geflüchtet war. Parallel zur Präsidentenwahl fand ein von der Kuomintang-Opposition heftig bekämpftes defensives Referendum statt. Die Bürger sollten dabei entscheiden, ob Taiwan ein eigenes Raketenabwehrsystem anschaffen soll, falls Peking die Bedrohung der Insel durch Raketen nicht beendet.
In einer Rede vor Anhängern sagte Lien Chan nach der Wahl, es gebe zu viele Ungereimtheiten. Seine Kuomintang-Partei werde die zentrale Wahlkommission auffordern, die Stimmen neu zu zählen. Nach einem inoffiziellen Resultat hat Chen Shui-bian die Wahl mit einem knappen Vorsprung von 26.000 Stimmen gewonnen, wie das Radio berichtete.
Wahlbeobachter waren davon ausgegangen, dass das am Freitag auf Chen verübte Attentat, bei dem dieser verletzt wurde, den Ausschlag für das Wahlergebnis geben könnte. Chen war während einer Wahlkampftour durch seine Heimatstadt Tainan von einer Kugel in den Bauch getroffen worden, konnte das Krankenhaus aber nach wenigen Stunden verlassen. Eine Verwicklung Pekings in das Attentat schlossen die taiwanesischen Justizbehörden am Samstag ausdrücklich aus. Es handle sich um einen rein kriminellen Akt, sagte Staatsanwalt Wang Sen-jung.
Im Wahlkampf hatte der Präsident seinem Herausforderer vorgeworfen, den Ausverkauf der Insel an das kommunistische Festland zu betreiben. Lien wiederum beschuldigte Chen, mit dem Referendum die Regierung in Peking unnötig zu provozieren.
