Die sudanesische Regierung kündigte umgehend an, an dem im Jänner unterzeichneten Friedensabkommen mit der SPLM, der früheren Südsudanesischen Volksbefreiungsarmee (SPLA), festzuhalten. Im Süden des Landes und in der Hauptstadt Khartum brachen bereits wenige Stunden nach Bekanntgabe des Todes von Garang schwere Unruhen aus. Aufgebrachte Südsudanesen setzten in Khartum Autos und Geschäfte in Brand. Nach Angaben von Augenzeugen kamen mehrere Menschen ums Leben.
Die SPLM (Sudanesische Volksbefreiungsbewegung) betonte, dass es bisher keine Hinweise auf einen Anschlag gebe. Der Chef der Armee im Süden, Salva Kiir, rief zur Ruhe auf. Der Tod Garangs kommt zu einem unglücklichen Zeitpunkt, sagte ein SPLM-Sprecher in Nairobi (Kenia). Es besteht die Gefahr, dass viele nicht glauben werden, dass es ein Unfall war, fügte er hinzu.
Ein von den Vereinten Nationen entsandter Hubschrauber brachte die Leiche Garangs vom Unfallsort im Südsudan zu dessen Residenz in New Site nahe der Grenze Kenias. Nach offiziellen Angaben war der Hubschrauber am Samstag in Uganda gestartet, wo Garang mit dem Präsidenten von Uganda, Yoweri Museveni, zusammengetroffen war. Unfallursache sei die geringe Sicht auf Grund schlechten Wetters gewesen. Alle 14 Menschen an Bord kamen ums Leben.
Der Tod von Dr. John Garang bedeutet einen großen Verlust. Der Friedensprozess wird fortgesetzt, betonte die sudanesische Regierung. Das Staatsfernsehen unterbrach sein Programm und sendete einen Nachruf auf den langjährigen Rebellenführer, der nun als Märtyrer des Friedens bezeichnet wurde. Garang war gemäß dem Abkommen am 9. Juli als Vizepräsident des Gesamtstaates vereidigt worden und war zugleich Präsident der im Aufbau befindlichen Regierung des nun weitgehend autonomen nicht-islamischen Südens.
In Juba und der ölreichen Gegend um Malakal kam es zu heftigen Schießereien. Mindestens ein Mensch kam nach Angaben von Hilfsorganisationen ums Leben. Soldaten der SPLM griffen Geschäfte arabischer Inhaber und Stellungen der Regierungssoldaten an.
Der 60 Jahre alte Garang hatte etwa zwei Jahrzehnte die Rebellenbewegung im längsten Bürgerkrieg des Kontinents angeführt. Der Krieg war ausgebrochen, als die Regierung in Khartum die islamische Rechtsprechung im christlich und animistisch geprägten Süden einführen wollte. Er verschlimmerte sich mit der Entdeckung großer Ölvorkommen im Süden. In den vergangenen beiden Jahren handelte Garang mit dem damaligen Vizepräsidenten Ali Osman Taha ein Friedensabkommen aus, nachdem der Süden weitgehend eigenständig wird und die Hälfte der Öleinnahmen bekommen soll.
