Stellt man die in der Studie geplanten Ausgaben in Höhe von 360,85 Mio. Euro für den Betrieb in den ersten zehn Jahren den gesetzlich vorgesehenen Einnahmen aus Bundes- und Landesmittel in Höhe von 225 Mio. Euro in diesem Zeitraum gegenüber, ergibt sich die vom RH bekrittelte Finanzierungslücke von 135,85 Mio. Euro.
Die gesetzlichen Zahlungsverpflichtungen des Bundes sind, wie der RH weiter kritisiert, gar nicht im Bundesbudget ausgewiesen. Dagegen hat das Land NÖ seine Verpflichtungen sehr wohl im Landeshaushalt budgetiert.
Scharf kritisiert wird vom RH auch das Auswahlverfahren für den Standort der Elite-Uni: Das Bewertungsverfahren sei während des Auswahlverfahrens geändert worden, wobei für die Prüfer “die Gründe für die Änderung nicht nachvollziehbar waren”. “Die angestrebte Transparenz der Entscheidungsfindung war somit nicht gegeben”, heißt es im Prüfbericht.
Die Prüfer kritisieren zudem die weitgehend fehlende Projektbegleitung durch das Wissenschaftsministerium. Diese fehlende Unterstützung “erhöht die Gefahr eines Fehlschlages beim Aufbau des Forschungsbetriebs des I.S.T. Austria”, heißt es im Bericht. Im Wissenschaftsministerium betonte man, bereits eine Abteilung mit dem I.S.T. Austria betraut zu haben.