Dem Haus am Arsenal wird neben Planungs- und Vergabemängeln bei der Neugestaltung und teilweise vollkommen ungeeigneten Depots auch einen Besucherschwund von rund 45 Prozent seit 1998 attestiert: Nach der Eröffnung der Saalgruppe Österreich und Europa 1789-1866 im Mai, mit der alle Schauräume wieder zugänglich sind, verzeichne das Museum für heuer bei den zahlenden Besuchern ein Plus von 50 Prozent im Vergleich zum Vorjahr, hieß es in einer Aussendung.
Es scheint wohl verständlich, dass ein Museum durch Umbaumaßnahmen Einbußen erleidet, doch war das HGM immer bemüht, seine Neugestaltungsmaßnahmen so abzuwickeln, dass nicht eine gänzliche Sperre des Museums drohte, hieß es. Auf weitere Kritikpunkte des Berichts könne das Museum noch nicht eingehen, da ihm der Rechnungshofbericht noch nicht vorliege. Doch man gehe selbstverständlich davon aus, dass die Situation des Museums korrekt erfasst wurde.
Der Rechnungshof hatte u. a. kritisiert, dass Planungs- und Vergabemängeln bei der 1999 begonnenen Neugestaltung der Saalgruppe die für September 2000 vorgesehene Wiedereröffnung rund eines Viertels der Ausstellungsfläche bis auf Mitte 2004 verzögert hat.