Unter den Toten befand sich auch der Entführer westlicher Touristen, der als Commander Robot bekannt gewordene Galib Andang sowie zwei weitere hochrangige Rebellenführer.
Andang hatte als Anführer eines Abu-Sayyaf-Kommandos vor fünf Jahren 21 Touristen auf der Ferieninsel Sipadan entführt und monatelange festgehalten.
300 Polizisten hatten das Hochsicherheitsgefängnis in einem Vorort Manilas am Dienstag in der Früh gestürmt, nachdem Verhandlungen über eine friedliche Beendigung des Aufstandes ohne Erfolg abgebrochen worden waren. In dem Gefängnis saßen rund 470 Häftlinge, darunter auch mehr als 100 Abu-Sayyaf-Rebellen. Die Rebellen hatten in Verhandlungen mit prominenten Politikern unter anderem persönliche Unversehrtheit und einen baldigen Prozess gefordert, was ihnen zunächst auch zugesichert wurde. Als immer neue Forderungen erhoben wurden, scheiterten die Verhandlungen schließlich.
Die Terroristen haben bekommen, was sie verdient haben, sagte Präsidentin Gloria Macapagal Arroyo. Die Einsatzkräfte hätten ihnen alle Chancen für eine friedliche Aufgabe gegeben. Innenminister Angelo Reyes sagte, die Rebellen hätten das Feuer auf die Sicherheitskräfte eröffnet, als diese unter Einsatz von Tränengas das Gebäude erstürmten. Sechs Polizisten seien bei dem Einsatz verletzt worden.
Der Aufstand hatte am Montag begonnen, nachdem ein Ausbruchversuch gescheitert war. Nach Angaben der Polizei hatten die Rebellen bei der Frühstücksausgabe zunächst Wachmänner überwältigt und ihnen die Waffen abgenommen. Dabei waren bereits drei Aufseher und zwei Abu-Sayyaf-Rebellen getötet worden.