Der Angeklagte trug einen grauen Anzug und deckte sein Gesicht mit einem Aktenordner ab, als er in den Saal gebracht wurde. Fragen von Journalisten beantwortete er nicht.
Der Beschuldigte legte ein Teilgeständnis ab. Er bekannte sich in den Anklagepunkten Nötigung, Inzest und Freiheitsberaubung für schuldig. Zum Vorwurf der Vergewaltigung bekannte er sich teilweise schuldig, den Vorwurf des Mordes durch Unterlassung sowie des Sklavenhandels wies er zurück.
Die vorsitzende Richterin machte in ihrem Eingangsstatement deutlich, dass man es im vorliegenden Fall mit einem Einzeltäter zu tun habe: “Das ist nicht das Verfahren eines Ortes oder einer gesamten Nation!” Josef F. habe ein Recht auf ein faires Verfahren, das Gericht sei “zur strengsten Objektivität verpflichtet”, betonte Andrea Humer. Daneben und vor allem wären aber die Opferrechte zu berücksichtigen, verwies die Richterin auf die Gründe für den nach Anklagevortrag und Replik der Verteidigung verfügten Ausschluss der Öffentlichkeit. Es sei nicht zulässig, “aus reiner Sensationslust über Dinge aus dem höchstpersönlichen Lebensbereich zu berichten”.
Von einem “unvorstellbaren Martyrium” sprach Staatsanwältin Christiane Burkheiser in ihrem Eröffnungsvortrag. Josef F. wirke “wie ein netter alter Herr von nebenan”. Sie bescheinigte ihm “ein gut gepflegtes Äußeres und höfliches Auftreten” und Kooperationsbereitschaft im Vorverfahren. Sodann ging die Staatsanwältin aber hart ins Gericht mit dem 73-Jährigen, der “keine Anzeichen von Reue und Unrechtsbewusstsein gezeigt hat”.”Keiner kann sich wirklich vorstellen, was sich da unten abgespielt hat”, kam Burkheiser auf die Vorgänge und Lebensumstände in dem modrigen Kellerverlies zu sprechen, in dem der Angeklagte seine Tochter 24 Jahre lang – oftmals tagelang in völliger Finsternis – gefangen gehalten haben soll. Bereits am zweiten Tag ihrer Gefangenschaft habe Josef F. die damals 18-Jährige “im Kellerverlies vergewaltigt” und auch später immer wieder vor den Augen der Kinder: “Er kam, nahm sie und ging wieder.” Burkheiser beschrieb die Geburten und das Sterben des Säuglings nach der Geburt von Zwillingen 1996. Dem eigenen Fleisch und Blut medizinische Hilfe zu verweigern, sei Mord durch Unterlassung.
“Sie sind nicht Rächer, Sie müssen Emotionen weglassen, sonst werden Sie dem Fall nicht gerecht”, appellierte Verteidiger Rudolf Mayer an die Geschworenen, nichts unerwogen zu lassen. Er verwies darauf, dass sich sein Mandant eine Zweitfamilie aufgebaut und für die Kinder gesorgt habe. Und: “Versuchen Sie dem Angeklagten trotzdem noch als Mensch zu begegnen und für das zu verurteilen, was er zweifelsfrei gemacht hat.” Josef F. hätten 24 Jahre lang Schuldgefühle geplagt. Den Vorwurf des Mordes wies Mayer zurück.
Bereits in der Früh hatten Medienvertreter aus aller Welt vor dem Gerichtsgebäude Stellung bezogen. Aktivisten nutzten die Präsenz, um sich in Szene zu setzen, die “Opferoffensive” und “Resistance for Peace” Kundgebungen ab.