Davor war Elsner unter Verweis auf Gesundheitsprobleme zu Einvernahmen in Wien nicht erschienen.
Ausschlaggebend für den Haftbefehl gegen Elsner waren laut Angaben des Sprechers des Justizministeriums, Christoph Pöchinger, Medienberichte, die den Schluss nahe legten, dass der Gesundheitszustand des Herrn Elsner besser ist als von ihm behauptet. Im Nachrichtenmagazin News war beispielsweise ein Foto erschienen, das Elsner hinter dem Lenkrad eines Sportwagens zeigte.
News ist – kurz vor BAWAG-Prozessbeginn – im Juli 2007 in erster Instanz wegen übler Nachrede zur Zahlung einer Entschädigung an Elsner von 15.000 Euro verurteilt worden, das Magazin hat dagegen Rechtsmittel eingelegt. Die Richterin bezeichnete die damalige News-Geschichte als erfunden, selbst die News-Journalisten hätten inzwischen zugegeben, dass der in einem Porsche sitzende Mann, dessen Foto den Artikel illustriert hatte, in Wahrheit gar nicht Elsner gewesen sei.
Elsner verbrachte nach seiner ersten Verhaftung am 14. September 2006, einem Donnerstag, nur das Wochenende in der Haftanstalt Les Baumettes in Marseille. Am Montag nach dem Wochenende teilte sein Anwalt Wolfgang Schubert mit, dass sich Elsners Gesundheitslage verschlechtert habe, deswegen sei sein Mandant von der Haftanstalt in ein Krankenhaus verlegt worden.
Am 29. September 2006 beschloss das Gericht im südfranzösischen Aix-en-Provence, dass Elsner zwar grundsätzlich so wie im europäischen Haftbefehl verlangt nach Österreich auszuliefern sei. Die Umstände seines Rücktransports solle ein medizinischer Experte klären. Zugleich beschloss das französische Gericht, Elsner gegen Zahlung von 1 Mio. Euro Kaution auf freien Fuß zu setzen. Elsner durfte aber Frankreich nicht verlassen, musste seinen Pass abgeben und sich an seinem Wohnsitz in Mougins oder in einem Spital aufhalten.
Die Kaution von einer Mio. Euro wurde vom österreichischen Unternehmer Martin Schlaff bezahlt, ein langjähriger Geschäftspartner der BAWAG. Mit ärztlichen Attesten bekämpfte Elsner weiter seine Auslieferung nach Österreich. Sein Aufenthaltsort wechselte in Folge zwischen seiner Villa und dem Spital.
Am 13. Februar 2007 wurde Elsner schließlich in Frankreich in Gewahrsam genommen und nach Österreich ausgeliefert. Am 23. Februar wurde Elsner im Wiener AKH am Herzen operiert und erhielt einen dreifachen Bypass. Seit seiner Auslieferung nach Österreich ist Elsner formal ununterbrochen in U-Haft – auch wenn sein Aufenthaltsort längere Zeit die Krankenabteilung des Landesgerichtlichen Gefangenenhauses bzw. ein Rehabilitationszentrum in Kärnten war.
