Die Schlüsselrolle spielt dabei der Universitätsrat: Er wählt den Rektor aus einem Dreiervorschlag des Senats für eine Funktionsperiode von vier Jahren, er schließt den Arbeitsvertrag mit ihm ab, und er bestimmt auch über seine Absetzung.
Abberufen werden kann der Rektor laut Universitätsgesetz vom Rat “wegen einer schweren Pflichtverletzung, einer strafgerichtlichen Verurteilung, wegen mangelnder körperlicher oder geistiger Eignung oder wegen eines begründeten Vertrauensverlusts”. Eine wichtige Rolle spielt der aus Professoren, Mittelbau-Angehörigen, Studenten und allgemeinem Personal bestehende Senat bei der nötigen Stimmerfordernis: Nach einem entsprechenden Antrag des Senats ist im Universitätsrat nur die einfache Mehrheit aller Mitglieder dafür nötig, von Amts wegen hingegen eine Zwei-Drittel-Mehrheit aller Mitglieder des Rats sowie die Anhörung des Senats.
Bisher hat es erst einen Abwahlantrag gegen einen Rektor gegeben. An der Wiener Akademie der bildenden Künste war Rektor Stephan Schmidt-Wulffen im Jahr 2005 mit einer Initiative des Senats konfrontiert, die vom Uni-Rat allerdings einstimmig abgelehnt wurde. Am Mozarteum Salzburg gab es im gleichen Jahr nach Unterschriftenlisten der Professoren für eine Abberufung des damals amtierenden Rektors Roland Haas eine einvernehmliche Lösung zwischen Uni-Rat und Haas, der zurücktrat.
Der Universitätsrat ist in etwa mit dem Aufsichtsrat eines Unternehmens vergleichbar. Er besteht aus (je nach Uni unterschiedlich) fünf/sieben/neun weisungsfreien Mitgliedern, wobei zwei/drei/vier vom Senat gewählt und zwei/drei/vier von der Regierung bestimmt werden. Diese Personen wählen ein weiteres Mitglied. Die Funktionsperiode dauert fünf Jahre. Die Mitglieder dürfen keine Angehörigen der betreffenden Uni und keine aktiven Politiker sein.