Er besuchte den Schrein das erste Mal zum Jahrestag der japanischen Kapitulation im Zweiten Weltkrieg. China und Südkorea protestierten scharf gegen den Besuch des Schreins, den sie als Symbol der militärischen Vergangenheit Japans sehen.
Der japanische Regierungschef begab sich erstmals am 15. August in das Heiligtum, dem Jahrestag der japanischen Kapitulation im Zweiten Weltkrieg. Koizumi hatte bereits bei seinem Amtsantritt 2001 angekündigt, den Schrein im Zentrum von Tokio an diesem Tag zu besuchen, aber dann jedes Jahr einen anderen Tag gewählt, wohl um noch schärfere Kritik zu vermeiden.
In dem Heiligtum werden neben 2,5 Millionen japanischen Kriegstoten auch 14 von einem internationalen Militärgericht nach 1945 als Hauptkriegsverbrecher zum Tode verurteilte Militärs verehrt. China und Südkorea protestieren regelmäßig gegen Koizumis Besuche am Schrein. Beide Länder waren in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts von Japan besetzt; sie sehen in dem Heiligtum ein Symbol der imperialistischen Vergangenheit Japans.
Die chinesische Regierung legte scharfen Protest gegen den erneuten Besuch des Heiligtums ein, wie die chinesische Staatspresse berichtete. Auch Südkorea kritisierte den neuerlichen Besuch des umstrittenen Yasukuni-Kriegsschreins in Tokio durch Koizumi scharf. Solch eine nationalistische Haltung trage zu einer Verschlechterung der bilateralen Beziehungen bei und schade der Zusammenarbeit und Freundschaft in der Region, hieß es in einer Erklärung des Außenministeriums in Seoul.