Das staatliche Begräbnis begann mit einem von Kardinal Christoph Schönborn zelebrierten Requiem im Stephansdom, zu dem fast die gesamte Staatsspitze gekommen war. Weitere Stationen vor der Bestattung auf dem Zentralfriedhof waren der Ballhausplatz und die Wiener UNO-City, wo es Gedenkminuten und Ansprachen gab.
Waldheim habe in beispielloser Art um Versöhnung gebeten, sagte Schönborn vor den rund 500 Ehrengästen und zahlreichen Besuchern der Volksmesse. Auf Waldheims Wunsch waren Tiroler Schützen anwesend, der Altar war mit der Dr.-Kurt-Waldheim-Rose geschmückt. Musikalische Gestaltung gab es in Form einer Schubert-Messe, ebenfalls von Waldheim ausdrücklich gewünscht. Eingeladen waren auch Vertreter aller Religionen.
Bundespräsident Heinz Fischer würdigte seinen Vor-Vorgänger einmal mehr als großen Österreicher, dem Unrecht geschehen sei. Fischer zollte in einer Ansprache im Dom der Tätigkeit Waldheims als UNO-Generalsekretär, seiner Verdienste um die Lösung der Südtirolfrage sowie dessen Bemühen um den UNO-Standort Wien Respekt. Der Ex-Präsident habe es verdient, dass man sein Lebenswerk in seiner Gesamtheit würdige. Seine großen Leistungen dürften (angesichts der Diskussionen um seine Kriegsverangenheit, Anm.) nicht an den Rand gedrängt werden.
Beim Requiem war neben Fischer und seiner Frau Margit fast die gesamte Regierung vertreten. Nicht anwesend im gut besuchten, aber nicht überfüllten Stephansdom war Kanzler Alfred Gusenbauer (S), der sich noch auf dem Rückweg vom EU-Gipfel in Brüssel befand, später aber zur Trauerminute am Ballhausplatz und zur Beisetzung auf dem Zentralfriedhof kam. Auf Einladung ausländischer Staatsgäste war auf Wunsch Waldheims verzichtet worden. Der prominenteste ausländische Trauergast war der Liechtensteiner Fürst Hans Adam II..
Nach dem Requiem wurden die sterblichen Überreste des Ex-Präsidenten zu Mittag über die Rotenturmstraße und den Ring zum Ballhausplatz gebracht. Dort fand eine Gedenkminute mit Fischer, Gusenbauer, Vizekanzler Wilhelm Molterer (V) und Außenministerin Ursula Plassnik (V) statt. Ein besonderer Ort in Waldheims Biografie, da er auf beiden Seiten residiert hatte: Als Außenminister im Bundeskanzleramt und als Präsident in der Hofburg.
Danach wurde der Sarg Waldheims im Konvoi in die UNO-City gebracht, wo der Chefs des Wiener UN-Büros, Antonio Maria Costa, Worte von Generalsekretär Ban Ki-moon verlas. Vor allem die internationalen Verdienste Waldheims wurden gewürdigt, aber auch die Bemühungen, Wien als Standort der UNO zu etablieren. Blauhelme hatten zuvor Aufstellung genommen, auch hier wurde der ehemalige Generalsekretär mit einer Gedenkminute gewürdigt.
Am Zentralfriedhof wurde Waldheim ebenfalls unter Anwesenheit der Regierungsspitze und des Bundespräsidenten beigesetzt. Begleiter auf sämtlichen Stationen waren seine Frau Elisabeth, die Töchter Christa und Liselotte sowie Sohn Gerhard. Der Sarg wurde mit dem Lied Ich hatt einen Kameraden hinabgesenkt.
Auch Papst Benedikt XVI. würdigte am selben Tag in einem Kondolenztelegramm den langjährigen Einsatz des verstorbenen Altbundespräsidenten für das Wohl der Menschen in Österreich und für das friedliche Zusammenleben aller in der weltweiten Völkergemeinschaft.