Nef war bereits Ende Juli von seinem Dienst beurlaubt worden, nachdem ein Strafverfahren der Zürcher Staatsanwaltschaft gegen ihn bekanntgeworden war.
Demnach soll Nef seine ehemalige Lebensgefährtin über einen längeren Zeitraum bedrängt und eingeschüchtert haben. Schweizer Medien hatten von Ermittlungen in einem Fall “häuslicher Gewalt” gesprochen.
Auch der Schweizer Verteidigungsminister Samuel Schmid war wegen der Affäre in Bedrängnis geraten. Er hatte Nef Ende 2007 zum Armeechef befördert, während die Ermittlungen gegen diesen bereits liefen, ohne jedoch die anderen Bundesratsmitglieder zu informieren.
Mittlerweile sei das Verfahren gegen Nef eingestellt, berichteten Schweizer Medien. Bundespräsident Pascal Couchepin dankte Nef am Mittwoch für dessen Engagement und sprach sein Bedauern über die Umstände des Rücktritts aus. Es habe sich um einen “Unfall” gehandelt.