Mori ist ein Verdächtiger in der heiklen Untersuchung über mögliche Verstrickungen zwischen Politik und Mafia in Italien nach den Anschlägen auf die Staatsanwälte Giovanni Falcone und Paolo Borsellino im Jahr 1992. Ermittelt wird im Fall auch gegen Massimo Ciancimino, Sohn des verstorbenen Bürgermeisters von Palermo Vito Ciancimino, der sich zur Zusammenarbeit mit der Justiz entschlossen hat.
Mori wird bereits beschuldigt, in den 90er Jahren einen Geheimpakt mit der Mafia zur Verhinderung von Anschlägen abgeschlossen zu haben. Mori, ehemaliger Chef des Geheimdienstes SISDE, steht in Palermo bereits wegen des Vorwurfs vor Gericht, eine mögliche Festnahme der langjährigen Nummer eins der Cosa Nostra Bernardo Provenzano im Jahr 1995 verhindert zu haben. Die Verhaftung Provenzanos erfolgte erst 2006. Die neuen Vorwürfe der sizilianischen Staatsanwälte erschweren Moris Position.
Von der Cosa Nostra erpresst, habe der italienische Staat jahrelang über einen “Waffenstillstand” mit der Mafia verhandelt, lautet der Verdacht der Staatsanwälte. Laut Massimo Ciancimino hatte die Cosa Nostra Anfang der 90er Jahre eine Reihe von Forderungen an den Staat gestellt, unter anderem die Abschaffung der für Mafiosi erschwerten Haftbedingungen. Dafür wollte die Mafia keine weiteren Anschläge wie jene verüben, die 1992 zum Tod der Anti-Mafia-Jäger Giovanni Falcone und Paolo Borsellino geführt hatten.
Massimo Ciancimino war 2006 verhaftet worden. Er soll in der Schweiz die Schwarzgelder seines einflussreichen Vaters gewaschen haben. Seit dieser Woche wird gegen ihn auch wegen Mafia-Beihilfe von außerhalb der Organisation ermittelt.
Mori hat stets vor Gericht bestritten, dass es ein Dokument gegeben habe, auf dem der Mafia-Boss Salvatore “Toto” Riina die Forderungen der Cosa Nostra-Paten an den Staat niedergeschrieben habe. “Verhandlungen mit der Mafia wären eine schändliche Kapitulation des Staates vor einer Bande krimineller Mörder gewesen”, erklärte Mori. Er verteidigt hartnäckig seine langjährige Arbeit an der Spitze des SISDE.