Die Flugzeugentführer haben sich demnach schwere institutionelle Schwächen innerhalb der Regierung zu Nutze gemacht. Präsident Bush oder sein Vorgänger Clinton werden aber nicht direkt verantwortlich gemacht.
Laut der Untersuchung gingen die Flugzeug-Entführer geduldig und entschlossen vor und nutzten unter anderem Schwächen bei Flug- und Grenzkontrollen aus. Sie hätten auch Testflüge unternommen, um zu sehen, wann genau die Türen zum Cockpit nicht verschlossen gewesen seien.
Vier von fünf Flugzeugentführern vom 11. September 2001 hätten beim Durchgang durch die Sicherheitsschleusen am Flughafen in Washington zunächst sogar Alarm ausgelöst. Wie auf einem Überwachungsvideo zu sehen ist, das der US-Nachrichtensender CNN und der TV-Sender ABC am späten Mittwochabend ausstrahlten, wurden sie daraufhin genau mit Handmetalldetektoren auf verdächtige Gegenstände überprüft. Schließlich durften die Männer die Maschine der American Airlines nach Los Angeles aber besteigen.
Die 9/11-Kommission wirft dem Vernehmen nach Geheimdiensten und Regierung schwer wiegende Fehler vor, die die Entführungen von Passagiermaschinen erst möglich gemacht haben sollen. Die brisante Schlussfolgerung, dass die Anschläge hätten verhindert werden können, zieht die unabhängige Kommission jedoch nicht.