Mit 58,2 Prozent der Stimmen setzte sich Huber am Samstag auf dem CSU-Parteitag in München gegen den deutschen Landwirtschaftsminister Horst Seehofer durch, der 39,1 Prozent bekam. Auf Vorschlag Hubers wurde Seehofer anschließend mit 91,8 Prozent als Stellvertreter wiedergewählt. Der bisherige CSU-Chef Edmund Stoiber wurde zum Ehrenvorsitzenden der Partei gekürt.
Der designierte bayerische Ministerpräsident Günther Beckstein wurde vom Parteitag zum Spitzenkandidaten für die Landtagswahl 2008 gewählt. Die umstrittene Fürther Landrätin Gabriele Pauli erhielt als dritte Kandidatin für den CSU-Vorsitz lediglich 2,5 Prozent der Stimmen. Zuvor hatte sie Beckstein vorgeworfen, sie zu diffamieren, und damit für einen Eklat gesorgt.
Huber dankte dem Parteitag für das Vertrauen und schlug Seehofer sofort zur Wiederwahl als stellvertretender Parteichef vor. Ich bitte alle, dass wir zusammenstehen und zusammenhalten, wir stehen vor großen Herausforderungen. Er könne der großen Verantwortung nur gerecht werden mit der Unterstützung aller.
Er werde Stoibers großes Erbe wahren und die Eigenständigkeit der CSU im Verhältnis zur Schwesterpartei CDU auch in der Großen Koalition bewahren. Die CDU muss wissen, sie braucht eine starke CSU, um in Deutschland regieren zu können, sagte Huber. Die CSU müsse bei der Bundestagswahl 2009 in Bayern mehr als 50 Prozent erreichen, so dass in Berlin nicht gegen die Union regiert werden könne. Die CSU stehe mit Umfragewerten zwischen 53 und 58 Prozent so gut da wie keine andere Partei in Deutschland. Deshalb müssen wir die CSU auch nicht neu erfinden.
Während Pauli sagte, das Ergebnis sei für sie nicht so wichtig, zeigte sich Seehofer mit seinem Abschneiden wirklich zufrieden. Das ist bei der Konstellation das, was möglich ist, sagte er nach der Wahl. Huber gratulierte er für den tollen Kampf. Der neue CSU-Chef versprach seinem Kontrahenten, ein Vorbild an Partnerschaft sein zu wollen. Huber hatte 558 der 959 Delegiertenstimmen erhalten.
Stoiber übergab den Parteivorsitz mit einem leidenschaftlichen Appell, das Erbe der CSU als erfolgreichste Partei Europas zu wahren. Er versprach seinen Nachfolgern volle Unterstützung und rief die künftige Doppelspitze auf: Macht einen Vorteil daraus und haltet mir die CSU zusammen! Die CSU müsse eine konservative Volkspartei bleiben, die eine Heimat für alle Menschen biete.
Genau ein Jahr vor der Landtagswahl wurde Beckstein mit 96 Prozent der Stimmen zum Spitzenkandidaten gewählt. Der 63-jährige Franke wertete das Ergebnis als Rückenwind nach stürmischer Zeit. Auch er versprach Kontinuität in der bayerischen Politik, ohne zugleich eine Kopie Stoibers zu sein. Auf bundespolitischer Ebene werde er zeigen, dass der bayerische Löwe auch Zähne und Krallen hat, stellte Beckstein eine kantige Politik innerhalb der Großen Koalition in Aussicht.
Pauli löste während der Kür Becksteins einen Eklat aus. Nach einer umjubelten Rede Becksteins forderte sie eine Entschuldigung von dem designierten Ministerpräsidenten, weil dieser sie als Fall für den Psychiater diffamiert habe. Lieber Günther, ich will dazu eine Erklärung von dir! forderte Pauli. In ihrer Bewerbungsrede um den Parteivorsitz zeigte sie sich jedoch wieder versöhnlich und nahm ein Gesprächsangebot Becksteins unter dem Applaus der Delegierten an. Ihre Kandidatur begründete sie mit der wachsenden Zahl der Nichtwähler, denen man ein Angebot machen müsse.
Seehofer hatte auf dem Parteitag mit seiner bundespolitischen Rolle um Zustimmung geworben. Offensiv sprach er die Geburt seines unehelichen Kindes an und bekannte sich dennoch zum Ideal von Ehe und Familie. Ehen könnten in Schwierigkeiten geraten oder scheitern. Trotzdem dürfen wir niemals unsere Wertmaßstäbe relativieren, und deshalb stehe ich zum Schutz von Ehe und Familie, sagte Seehofer unter großem Applaus.
Als Gastredner trat auf dem Parteitag ÖVP-Chef Wilhelm Molterer auf. Auch würdigte Stoibers Leistungen und strich die gemeinsame Wertebasis der beiden Parteien hervor. Der Vizekanzler dankte Stoiber und CSU auch für ihre Rolle während der EU-Sanktionen gegen die ÖVP-FPÖ-Bundesregierung im Jahr 2000. Wir werden euch das nie vergessen, betonte Molterer, der auch Stoibers Ernennung zum Vorsitzenden eines EU-Gremiums gegen Bürokratieabbau begrüßte. Europa braucht eine Prise Stoiber, sagte der ÖVP-Chef.
